在校外教学中前去参访忍者屋的高中生阿一，在参观时被卷入不可思议的机关里后，穿越时空，进入了伊贺与甲贺两股势力互相争斗着的忍者世界。阿一为了找出回到现代的线索，尝试潜入忍者的教育设施「红学园」。但那里竟然是「严禁男子的女忍学园」……！？