这里是有两百三十万人口的「学园都市」，以占有此处人口八成比例的所有学生为对象，进行着超能力开发实验。其中有间贵族女子学校──常盘台中学就囊括了立于学生顶点，最强的七名「超能力者（等级5）」之中的两名──「超电磁砲」御坂美琴以及「心理掌握」食蜂操祈。以常盘台中学为舞台，全新故事就此揭开序幕……！